肺炎衣原体感染半夜咳嗽是因为衣原体感染引起的炎症反应导致的呼吸道症状。
肺炎衣原体感染会引起上、下呼吸道感染，产生炎症反应，刺激呼吸道黏膜，引发咳嗽。这种炎症反应通常会在晚上更为明显，因为夜间人体新陈代谢减慢，免疫系统的反应也会减弱，此时炎症因子对呼吸道的刺激更加显著，从而导致咳嗽加剧。
如果患者在出现肺炎衣原体感染半夜咳嗽的同时还伴有发热、乏力等症状，则可能是病情加重的表现，需及时就医治疗。
针对肺炎衣原体感染，患者可在医生指导下使用阿奇霉素或多西环素等抗生素类药物进行治疗。患者应保持充足的休息，避免吸烟和接触有害气体，以减少呼吸道刺激。
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