肾结石患者跑步后出现小便刺痛可能是因为运动导致肾结石位置改变，刺激了输尿管壁，引起局部痉挛性收缩，从而产生排尿时的疼痛感。
肾结石是一种晶体物质从尿液中析出并沉积于肾脏内，形成的一种疾病。如果肾结石体积较小，在剧烈运动如跑步时，可能会导致其移动，使结石卡在输尿管狭窄处，引起局部组织受到刺激而发生痉挛性收缩，表现为排尿时的疼痛感。
此外，还应考虑是否存在前列腺炎、膀胱炎等泌尿系统疾病，因为这些疾病也可能导致小便刺痛的症状。此时需要进一步检查以确定具体原因。
对于存在肾结石且伴有排尿困难或腰痛等症状的患者，建议避免剧烈运动，以免加重不适症状。日常生活中，患者应注意多喝水，保证每日尿量在2000ml以上，促进结石排出。
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