肛瘘和囊肿不是同一种疾病，前者是感染性疾病，后者为良性肿瘤。
肛瘘是由肛管或直肠周围脓肿引起的感染性病变，存在内口、瘘管及外口三部分结构，因此典型症状包括肛门周围反复发作的红肿、疼痛、流脓等。而囊肿则属于良性的新生物，主要是因为炎症、外伤等原因导致局部组织发生液体积聚形成，一般不会自行愈合，且随着病情进展可能会逐渐增大，甚至会压迫周围器官产生相应的临床表现。
此外，如果患者患有痔疮，也有可能会引起肛门部位出现异常凸起的现象，需要加以鉴别。
在诊断方面，应通过医生的专业检查以及影像学评估来区分这三种不同的病症，并采取相应治疗措施。日常生活中，患者应注意保持肛周皮肤清洁干燥，避免使用刺激性强的洗液清洗肛门区域，以免加重不适症状。
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